El Comité Ejecutivo será el órgano encargado de asesorar, controlar y dar seguimiento a las decisiones tomadas por el Consejo Superior.
El Comité Ejecutivo está integrado por los Jefes de Estado Mayor Conjunto y/o sus equivalentes de las FAM-CFAC. El Comité Ejecutivo celebrará un mínimo de tres reuniones ordinarias anualmente, siendo presidido por el miembro del CE de la Fuerza Armada sede de dicha reunión.