El Consejo Superior, es el órgano superior de la «CFAC». Estará integrado de acuerdo a la legislación interna de cada país, por el Señor Ministro de la Defensa, Señor Secretario de Estado y Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas. En caso que el Señor Ministro o Señor Secretario sea civil, se hará acompañar del militar de más alto rango y jerarquía del país miembro o su representante.
El Consejo Superior se reunirá ordinariamente una vez cada semestre y extraordinariamente cuando así lo decida ese organismo, o por mandato de los Presidentes Constitucionales de los Estados cuyas Fuerzas Armadas son miembro de la CFAC. En caso que algún miembro del Consejo Superior tenga la imposibilidad de asistir a una reunión, podrá enviar al señor Viceministro y/o Subsecretario en el Despacho de Defensa Nacional o su equivalente debidamente acreditado.
El Consejo Superior ordenará el desarrollo de Actividades Especializadas para el cumplimiento de las funciones, estudio, discusión, formulación de planes, programas y proyectos contenidos en la agenda de trabajo.